Die Höhle befindet sich etwa 1,5 km nördlich der Ortschaft Scharzfeld im Landkreis Osterode am Harz. Sie liegt im Gebiet der sog. Brandköpfe. Diese bilden hier ein Plateau etwa 150 m über der Talsohle des nahen Odertales. Die Einhornhöhle ist ein natürlich entstandener Hohlraum im Zechsteindolomit der Permzeit. Diese ca. 270 Mio. Jahre alten Gesteine des ausgehenden Erdaltertums treten gürtelförmig am südwestlichen Harzrand zutage. Die allmähliche Verwitterung des Dolomitgesteins hat seit Jahrhunderttausenden zur Entstehung von Höhlensystemen geführt. Die Einhornhöhle ist die größte Besucherhöhle des Westharzes. Die Höhle hat eine Gesamtganglänge von über 600 m, die Länge der Hauptstrecke ( = Führungsweg) beträgt fast 300 m. Aufgrund neuester Forschungsergebnisse kann heute davon ausgegangen werden, daß der Gesamthohlraum allerdings um ein Vielfaches größer ist als die uns heute bekannte Einhornhöhle. Innerhalb der Hauptstrecke reihen sich mehrere großen Hallen und Dome aneinander. Sie sind durch niedrige tunnelartige Gänge miteinander verbunden. Im Südwesten der Höhle in der sog. Blauen Grotte befinden sich zwei Deckeneinstürze (siehe Foto), die einzigen heute noch vorhandenen natürlichen Eingänge zur Höhle. An einen Seitengang des Weißen Saales wurde 1905 ein Stollen angefahren. Er wird seitdem als Haupteingang zur Höhle benutzt. Jahrhundertelang wurde die Höhle von Knochensammlern aufgesucht. Bereits 1583 wurde über das Graben nach „Einhörnern“ berichtet. Die Höhle erwies sich als ergiebige Fundstelle für das als Medizin und Heilmittel begehrte Einhorn. Aber im 17. Jahrhundert wurde erkannt, daß es sich bei den Knochenfunden um fossile Reste von Großsäugetieren, vor allem dem Höhlenbären, nicht aber um das sagenumwobene Einhorn handelt. Das Fabeltier, das es leibhaftig niemals gegeben hat, war dennoch namengebend für diese Höhle. Neben den Einhorngräbern wurde die Höhle aber bereits seit geraumer Zeit von Geowissenschaftlern und Forschern aufgesucht, so bereits von den Universialgelehrten Leibniz (1686) und Goethe (1784). Ende des 19. Jahrhunderts hat der Berliner Arzt und Anatom Rudolf Virchow hier gegraben, Hermann Löns suchte die Höhle ebenfalls auf. Die Forschungen um die letzte Jahrhundertwende hatten vor allem das Ziel, den „diluvialen Menschen“ (= Mensch des Eiszeitalters) zu finden. Dies gelang erst 1985 mit dem Fund von Steinwerkzeugen aus der Altsteinzeit. Die Ausgrabungen 1985-88 ergaben, daß die Höhle vor etwa 100.000 Jahren über lange Zeiträume von den Neandertalern besiedelt war. Zudem bietet die Einhornhöhle innerhalb des niedersächsischen Raumes die bislang einmalige Gelegenheit, anhand einer Höhlenfauna vielseitige Auskunft über die hiesige tierische Lebewelt während eines größeren Zeitraumes innerhalb des jüngeren Eiszeitalters bis zur Jetztzeit zu erhalten. Bei den Grabungen wurden bislang Knochenreste von über 70 Wirbeltierarten gefunden. Neben den großen Höhlenbären, die Jahrzehntausende in der Höhle lebten, sind dies Funde von Raubtieren wie Wölfen und dem Höhlenlöwen, aber auch kleinen Säugetieren wie Fledermäuse oder Zwergspitzmäuse.